Depuis les premiers peuplements en Indonésie, les mers de l’archipel ont été des voies naturelles de migration, de communication et de commerce. Les habitants d’aujourd’hui ont hérité de la tradition maritime probablement la plus sophistiquée au monde. Ce sont la navigation et le commerce qui ont unifié les nombreux peuples vivant dans les quelques 17000 îles de l’archipel connues autrefois comme le monde malais. D’après les sources chinoises, arabes et européennes datant des premiers contacts avec l’Indonésie, le bateau typique de l’archipel était le layar tanjaq,que l’on peut voir représenté sur les murs du fameux temple de Borobudur dès le 9e siècle. Ces mêmes sources mentionnent le padewakang de Sulawesi sud, employé pour les voyages commerciaux lointains et la pêche hauturière jusqu’au début du 20e siècle. Les padewakang étaient également utilisés par les guerriers Mandar, Makassar et Bugis pendant de nombreux siècles.

Au cours du 19e siècle les marins de Sulawesi commencèrent à combiner les bateaux tanjaq rectangulaires avec des bateaux venus d’Europe et d’Amérique qu’ils pouvaient apercevoir naviguer sur les mers de l’archipel. Le résultat est le bateau que l’on connaît aujourd’hui sous le nom de pinisi. Selon l’histoire, le premier bateau de type pinisi aurait été construit dans les années 1840 par un français (ou allemand ?) à Trengganu en Malaisie, à la demande du sultan Baginda Omar qui souhaitait un bateau ressemblant aux vaisseaux occidentaux. Ce bateau devint le prototype d’une nouvelle classe de vaisseaux appelés pinas, probablement tiré du mot français pinasse qui désigne un bateau de moyenne taille. L’origine du pinisi reste toutefois incertaine. Au début du 18e siècle la VOC, la Compagnie hollandaise des Indes orientales, construisait déjà des bateaux de style européen pour leur flotte d’Asie, introduisant de nouvelles techniques de construction et de nouveaux matériaux. Les Indonésiens reprirent ensuite la construction de ces bateaux en y apportant quelques modifications. Ainsi le premier authentique pinisi de Sulawesie fut construit vers 1900 pour un capitaine de Bira par les gens d’Ara. Si aujourd’hui les nouveaux bateaux sont en général conçus pour la croisière touristique, les premiers pinisis étaient de véritables bateaux marchands. L’ensemble de la coque était destiné à la marchandise, seul le capitaine disposait d’une petite cabine alors que l’équipage dormait sur le pont. Durant leur âge d’or dans les années 70, plusieurs milliers de pinisis formaient la plus grande flotte marchande du monde, connectant entre elles les îles de l’archipel.

Plusieurs chantiers de construction existent encore dans la région de Bira à Sulawesi, même si de nombreux Konjos, ethnie originaire de cette région d’Indonésie, ont émigrés à Kalimantan où l’on trouve plus aisément du bois de qualité et des arbres suffisamment grands pour construire des bateaux de plus de 50 mètres.

La construction d’un pinisi suit toujours des rites particuliers liés à la croyance Bugis, depuis l’abbatage de l’arbre jusqu’au lancement du bateau. Pour les Bugis, le pinisi remonte à l’origine de l’homme. Les Bugis pensent que le premier homme est né du mariage de Sarawigading avec WeCudai, deux personnages de légende de l’épopée Bugis La Galigo. Pour épouser WeCudai, Sarawigading dut aller la chercher en Chine où elle vivait. Il construisit un bateau pour traverser la mer qui séparait son pays de la Chine. Au retour une grosse vague fracassa son bateau. Les morceaux se dispersèrent et échouèrent à plusieurs endroits. La coque s’échoua sur la plage d’Ara, les voiles à Tanjung Bira et la quille à Lemo-Lemo. Les habitants reconstruisirent le bateau et acquirent le savoir-faire à la construction d’un pinisi. Ainsi d’après la légende, les habitants d’Ara auraient le savoir-faire pour construire des coques de pinisi, les habitants de Lemo-Lemo seraient les experts du finissage et ceux de Tanjung Bira seraient les meilleurs pour naviguer. Aujourd’hui encore les Bugis pensent qu’un pinisi pour être de qualité doit être fabriqué par les habitants d’Ara et de Lemo-Lemo.