C’est au 13e siècle que l’Islam fit son apparition sur l’île de Java voisine, par l’intermédiaire de marchands arabes commerçant entre la Méditerranée et l’Océan Indien. Jusqu’à cette époque c’était développée une civilisation hindouiste profondément influencée par l’Inde ancienne. L’Islam, parti de la cote nord, couvrit peu à peu Java, jusqu’à ce que les derniers vestiges de la puissance Hindo-javanaise eurent disparu, même à l’extrémité est de l’île. Bali, où la civilisation et la religion avaient également subit l’influence de l’Inde pendant des siècles, est la seule région où l’Islam n’est pas pénétré.

Les débuts de l’influence hindoue à Bali restent obscurs. Peut-être des Brahmanes importèrent-ils sur l’île leur religion en même temps que leur mode de vie. Les plus anciennes sources écrites retrouvées à Bali ne comportent aucune trace d’influence javanaise. Elles sont exclusivement rédigées en vieux balinais. Une évolution se produit au début du 11e siècle, avec une utilisation partielle du vieux javanais à la cour et en tant que langue diplomatique. La fin du 14e siècle voit passer Bali sous la dépendance du royaume hindouiste de Majapahit, dont le centre politique se situait dans l’actuelle Surabaya (Java-est), et lui-même poussé par l’avancée de l’Islam. Apres l’islamisation de Java, la civilisation javanaise ancienne, par l’intermédiaire de Majapahit, resta l’idéal et le fondement de l’évolution ultérieure de Bali. C’est ainsi qu’au niveau religieux, l’île fut marquée par un hindo-javanisme peu à peu teinté d’éléments intrinsèquement balinais. Mais l’intensité de la javanisation décroît en fonction de l’éloignement par rapport aux cours royales où elle s’érige désormais en modèle. Dans les montagnes, la religion originelle perdure dans les villages Bali-Aga, les Hindo-balinais non javanisés.

La religion balinaise, l’ “Agama Hindu Bali” comme elle se nomme aujourd’hui, a donc subi de multiples influences du fait d’un passé politique agité, entraînant autant d’évolutions à l’origine de sa grande diversité.